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白赖仁野心勃勃，一心想控制人类，差仁者领袖虎大介杀死了菊池博士，抢走了万能的“赤盒”，伹他却打不开。得知音乐家高比能打开盒子，他遂派人将其生擒。与此同时，菊池的学生女忍者香也在查找高比，而另一面，芭蕉先生派爱徒小灵则暗中保护高比。三路人马狭路相逢，展开龙争虎斗，最终小灵杀出重围。芭蕉夜入白府盗赤盒不成，反被虎大介取走性命，并连累村民惨遭屠杀，于心不忍的高比以自刎相威，总算中止了白赖仁的屠夫行径。高比以乐曲为钥匙打开了赤盒，白赖仁惊喜万分，以为掌握了控制人类的秘笈。但小灵、女忍者香能就此罢手吗……。在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。 三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……。