分手33天后

在都市内出现了连续女性被杀事件。经警察调察，犯案者是异形怪物，而主角·风祭真因为一直发着相关事件的梦而备受困扰…… 风祭真的父亲是遗传学研究所里的科学家。而真则自愿成为了研制不治之病的实验品，但却被疯狂的科学家·鬼塚实行的现阶段最危险的生化实验·Lv3的遗传因子操作实验而变成了生化战士：真·假面骑士。但鬼塚最大的目的就是要将真供幕后BOSS·“财团”作为军事武器。真最后逃出了『财团』的魔掌，并且与“财团”的超级改造战士·豪岛展开生死战！。二战结束后，曾在法国参加作战的印第安土著Jimmy Picard（本尼西奥·德尔·托罗 Benicio Del Toro 饰）住进了堪萨托皮卡军事医院。这家医院以专业医治脑病而著称。Jimmy Picard罹患多种疾病：眩晕、短暂失明、失去听觉……由于找不到任何器质性病变，医生将其诊断为精神分裂症。但医院仍然决定请法国专门研究北美印第安文化的人种学家及心理学家Georges Devereux（马修·阿马立克 Mathieu Amalric 饰）进行会诊。。