2009年全运会开幕式

舞台：大阪&京都，正在录制"皐月杯"百人一首记者会的大阪地标·日卖电视台突然发生爆炸，千钧一发之际，急忙赶来的柯南救出了被困在崩塌大楼中的平次与和叶，而另一侧，"皐月杯"冠军在京都屋内遭人杀害，监控器里所显示出的是——红叶...原作中的重要角色，百人一首高中生冠军，自称"平次未婚妻"的大冈红叶，将首次在剧场版中登场，新一和小兰的关系也将发生变化....。双胞胎兄弟蓝俊宇和蓝少杰因幼时父母离异被迫分居，过着天壤之别的生活。多年后两兄弟再次相见，蓝少杰目睹弟弟俊宇过着穷困潦倒被同学排挤的生活决定跟蓝俊宇身份互换，蓝俊宇因此以哥哥的名义进入清江市最好的学校。在学校里蓝俊宇认识了富有正义感爱替人出头却屡招嫌诬陷的骆熙，在得知洛熙曾经帮助过蓝少杰继父的儿子黎昕时，他决定挺身而出帮助洛熙。在这之后蓝俊宇虽因此丢掉了学生会主席的职位，但却获得了同学们内心的支持。就在蓝俊宇打算结束这次身份互换时却被告知这次的交换远还没有结束，他的母亲江秀告诉了他这次交换背后的计划。尽管不愿意，但在母亲和哥哥的合力劝说下，蓝俊宇还是接受了这个计划，蓝俊宇从此成为了哥哥的影子。。六年前，拥有绝世本领的焰众忍者虎影（斋藤工 饰）与月影（芳贺优里亚 饰）坠入爱河，后者更怀上了虎影的孩子。然而焰众首领东云幻斋（椎名英姬 饰）绝不允许手下有这种叛逆之举，于是对二人进行严刑拷打。在遭受了残酷的折磨后，虎影夫妇一路逃亡，最终在某个偏远山村落脚，和他们的儿子孤月过着与世无争的平凡生活。这一日，东云派出忍者前往耶严藩偷窃金银秘卷，谁知却遭遇对方殊死抵抗，最终只拿到了银卷。为了得到金卷，东云找到虎影夫妇，并且绑架了二人的儿子来要挟他们潜入耶严城。 为了营救最爱的孩子，夫妇俩只得再入血雨腥风的江湖，投身于连绵不断的忍者大战之中……。