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故事发生在抗日战争时期。因军统谍网连遭日特破坏，戴笠从集中营选出因故做牢的陈一鸣少校，令他组建“眼镜蛇”特工小组，暗杀日特驻华头子中村一郎，领命后陈一鸣即刻招募各路高人进行培训。这时，美军上校梅乐斯找到戴笠，要他设法营救被中村逮捕的美特工史密斯夫妇。中共高级特工黄天明得到南京黄云睛送来的情报，他奉上级指示，将史密斯夫妇所在位置故意泄露给军统南京站高站长，陈一鸣带着特工小组出发了。他们化装混入医院，先救出了史密斯夫妇，然后执行此次来的首要任务：刺杀中村一郎，他们能顺利完成任务吗……。朱利安、迪克和安妮的父亲伯恩哈德组织了一场前往埃及的展览。在这里，发现了入室盗窃未遂的朋友。后来他们和他父亲的同事埃琳娜一起飞往开罗。在开罗，朱利安的父亲落入了陷阱，然后被指控盗窃。直到审判，他进了监狱。五人试图证明伯恩哈德的清白，并带着年轻的扒手奥尼来帮忙。他们能否救出伯恩哈德？。SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，这一点，并不使少年阿鲁高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与朋友们交流时，殖民地内发生了骚动，这是由吉恩的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致，不久，一架受了伤的扎克（改），掠过阿鲁的上空，坠落在离他不远的林间草坪上。 被击落的吉恩新兵巴尼，用自己的军衔章换取了阿鲁的摄影机磁卡，这里面记录有阿鲁从联邦的工厂里到的MS组装画面。此外，还有几日前从地球搬来的阿鲁家的邻居红发女郎克丽丝的倩影。巴尼获取的情报，引起了吉恩军的注意，他们立即组建了一支突击小队，执行破坏高达的任务。于是，巴尼所在的小队，依靠一场小规模的战斗的混乱，再度潜入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次与阿鲁相遇。 理想成为MS驾驶员的少年阿鲁，自愿为吉恩突...。